برخی مقولات به طور کلی از ثبت به عنوان یک اختراع مستثنی می شوند و این قوانین داخلی هر کشوری است که تعیین می کند چه موارد از ثبت شدن به عنوان یک اختراع استثنا شده اند، عمدتا از ثبت نوآوری هایی که منافی عفت و نظم عمومی (Public Order) جامعه بوده و یا امنیت عمومی را تهدید می کنند در همه کشور ها ممانعت به عمل می آید. اما به طور دقیق تر برای دست یافتن به پاسخ این سوال که کدام اختراعات به ثبت نخواهند رسید باید قوانین کشور موردنظر را بررسی نمود. قانون ثبت اختراعات علائم تجاری و طرح های صنعتی ایران مصوب 1386 در ماده 4 خود این استثنائات را این گونه نام برده است:
الف ـ کشفیات، نظریه‌های علمی، روش های ریاضی و آثار هنری.
ب ـ طرح ها و قواعد یا روش های انجام کار تجاری و سایر فعالیت های ذهنی و اجتماعی.
ج ـ روش های تشخیص و معالجه بیماری های انسان یا حیوان.
د ـ منابع ژنتیک و اجزاء ژنتیک تشکیل‌دهنده آنها و همچنین فرآیندهای بیولوژیک تولید آنها.
هـ ـ آنچه قبلاً در فنون و صنایع پیش‌بینی شده باشد. این استثناء در مقابل شرط جدید بودن است.
پیش از ادامه مطلب لازم است تفاوت بین اختراع و اکتشاف تشریح شود؛ بند (1) ماده (1) معاهده ژنو 1978 اکتشاف را این گونه تعریف می کند؛ شناخت پدیده ها، قوانین و یا خصوصیات عالم ماده که قبل از این شناخته نشده و قابل ارزیابی نبوده باشند. در میان کنوانسیون ها و معاهدات، تنها در بند 4 ماده 2 کنوانسیون تاسیس سازمان جهانی مالکیت فکری، از اکتشاف علمی به عنوان یکی از مقولات حقوق مالکیت فکری حمایت به عمل آمده است. کنوانسیون پاریس، موافقت نامه جنبه های تجاری مالکیت فکری (تریپس) و معاهده همکاری ثبت اختراع (PCT) صرفا به اختراع پرداخته اند و از اکتشاف مطلبی به میان نیاورده اند. در بند الف) ماده 4 قانون ثبت اختراعات، طرح های صنعتی و علائم تجاری ایران مصوب 1386 کشفیات به صراحت از حیطه حمایت از اختراع خارج شده اند.